《雁回时》原本计划拍摄36集，但在备案及下证过程中缩减至30集，共删去了6集内容。删减的部分包括重要的宫斗情节和某些角色的关键故事线索，如庄语琴的形象塑造、叔婶对庄寒雁的态度变化及阿芝的身世之谜。此外，还涉及到了年轻皇帝和大姐角色的相关情节，使得原本设定的部分剧情伏笔显得不够清晰。删减后，许多观众感到剧情出现了大量的逻辑漏洞和bug，严重影响了故事的连贯性和观看体验。目前，官方尚未对此作出明确回应。

观众对《雁回时》删减6集的反应强烈，主要集中在以下几个方面：首先是剧情完整性受损，删减后的剧情显得支离破碎，很多重要情节和角色发展未能呈现，使整部剧显得不够连贯。其次是角色塑造受影响，尤其是主角阿芝的身世关键情节被删减，使其性格和发展显得单薄。第三，精彩剧情遭削减，许多观众认为删减的6集中有许多精彩的配角线和剧情，特别是张康乐的客串，不应因外部因素而被随意删减。第四，社交平台受限，有观众注意到在讨论删减问题时，相关帖子常被快速删除，增加了交流难度。许多粉丝提议制片方可以通过发行番外来弥补删减造成的剧情空缺，以满足粉丝需求并丰富整个故事世界。尽管如此，仍有部分观众表示将继续支持《雁回时》，认为其紧凑的剧情、精致的台词和出色的演技依然值得一看。也有一些观众称赞陈都灵、王艳等演员的出色表现，认为他们在有限的空间内展现了角色的魅力。但也有一部分观众认为删减6集不仅影响了剧情流畅性，更直接导致整部剧的质量下降，怀疑此举动是为了掩饰剧本本身的缺陷或是逃避外界批评。此外，观众对制作方未提前告知删减行为表示不满，认为这种做法不够尊重观众，且缺乏诚信。不少观众因剧情删减而感到失落和失望，甚至有人表示可能会放弃追剧。观众对删减后的剧情如何展开表示担忧，希望制作方能找到合理的方式填补剧情空白。付费会员对无法观看完整剧集表示不满，认为自己的权益受到损害，要求得到相应补偿。